日光温室秋延茬番茄栽培时，由于前期温度较高，病毒病容易发生流行，所以要及早着手进行防治。生产中，最好采取综合防治措施，改善环境条件，增强植株自身抗逆能力，减轻和控制病毒的发生与危害，防治要点如下：
一、选用抗病品种。用选用抗病性强、长势旺盛的无限生长型中晚熟品种。
二、实行无病毒种子栽培生产。种子播前用清水浸3-4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸40-50分钟，或用0.1%高锰酸钾溶液30分钟，捞出用清水洗后在催芽播种。定植用地择未种过番茄或未发生过番茄病毒的田块，对曾发上番茄病毒的田块一定要进行深翻，促使带病毒残体腐烂，还可施用石灰，使土壤中病毒残体上的烟草花叶病毒纯化。
三、培育壮苗。对配制好的营养土 ，1 m3 加入过磷酸钙1 kg 、硫酸钾复合肥 1 kg 、50%多菌灵可湿性粉剂8-10 g， 搅拌均匀，平摊到育苗床上压实，再用40%福尔马林300倍液喷洒床面。苗床上方设置阳网，控制苗床温度，培育壮苗。
四、合理轮作。菜田实行三年以上轮作，避免与茄科作物连做。
五、及时防蚜。苗期采用银灰色薄膜或遮阳网覆盖，驱避蚜虫。定植后沿大棚四周骨架平拉银灰色塑料薄膜条带，间隔10 cm 左右为宜，随时调查棚内蚜虫发生情况，一有发生及时防治，减少蚜虫传毒机会。
六、生物制剂防治。在番茄分苗、定植、绑蔓，打杈前，可先喷1%肥皂水+0.2%-0.4%磷酸二氢钾 + 1：20-40的豆浆或豆奶粉，预防接触传染。定植前后各喷1次NS—83增抗剂100倍液，既能增强植株耐病性，又可提高产量。还可用20%病毒A可湿性粉剂500倍液防治。
七、药剂防治。栽植前用病毒回春（主要成分为硫酸铜、三十烷醇、十二烷基硫酸钠，下同）600倍液消毒，在番茄分苗。定植、绑蔓、打杈前先喷病毒回春800倍液+绿之保（主要成分为光合细菌，乳酸菌等有益微生物菌群及其他代谢物）600倍液预防接触传染。在发病初期（5-6叶期）用病毒回春800倍液叶面喷雾保护，每隔7天喷1次，连喷3次。感病严重的植株结合病毒回春800倍液灌根，每株用200-300ml，此外结合喷药配施硫酸锌300倍液作根外追肥，可提高植株耐病性。